La Junta de Govern és l'òrgan encarregat de la representació general, la direcció, l'administració i la gestió ordinària del Col·legi, respecte a la voluntat expressada per l'Assemblea General. Està integrada per un Degà/na, un ViceDegà/a, un Secretari/a, un Tresorer/a i cinc Vocals. Entre els Vocals es podrà designar un per Menorca, i un altre per Eivissa i Formentera que representaran la Junta de Govern en les seves respectives illes i que presidiran en el seu la Delegació Insular del Col·legi.